＞moji=Array(a1,a2,a3,a4)
＞この数字を数字種類ごとに
＞
＞moji=a12 a21 a41
この部分が何を言っているのか分からないなぁ・・
何故、同じ変数の「moji」が使われるのですか？

＞上の数字はどのような数字が
＞入るかわかりません。
上の数字とは具体的にどの数字ですか？

あと、こんなコードあり得ないでしょう？
　　↓
＞moji=a12 a21 a41
意味のあるコードを示すか、
フムフムと思える説明がないと訳が分からないです。

私には以下のように読めました。
たたき台としていかがでしょうか？

Sub tatakidai()
    Const DIV = 3
    Dim a As String
    Dim aa()
    Dim n As Long
    Dim moji As String
    Dim ss() As String
    
    a = "123456123789"
'    a = "123456123"
    moji = "a12 a21 a41"
'    moji = "a12 a41 a21 a31"
    n = Len(a)
    ReDim aa(1 To n / DIV)
    For n = 1 To UBound(aa)
        aa(n) = Mid(a, 1 + DIV * (n - 1), DIV)
    Next
    ss = Split(moji)
    moji = ""
    For n = 0 To UBound(ss)
        moji = moji & hennkann(ss(n), aa)
    Next
    moji = Mid(moji, 2)
    Debug.Print moji
End Sub

Private Function hennkann(s As String, aa()) As String
    On Error Resume Next
    hennkann = " " & aa(Mid(s, 2, 1)) & Right(s, 1)
    On Error GoTo 0
End Function

＞１個ずつは調べられるのですが、同時にmoji=のように同時に調査する方法が
＞分からないのです。
その部分がちょっと分からないです。
　１個ずつ調べるのは面倒なので、
　コード１行で mojiに"1232 4561 7891"と入れる方法はないか？

と言う質問なのでしょうか？

因みにエクセルのバージョンは何ですか？（複数ある場合は古い方)

いろいろな方法が考えられます。
連想配列を使うとか、、、
なるべくシンプルなロジックのものを提示しておきます。

ここで、
コードを入れたものを投稿するとなぜかエラーになって投稿できないので、
ロジックを提示しておきますので、ご自身でコード化してください。

与えられた文字列(a="123456123789")の文字数をLen関数で取得
与えられた文字列(a="123456123789")から左3文字を取り出して変数tに代入
与えられた文字列aからReplace関数でtを""に置換
置換前の文字数から置換後の文字数を引いて3で整数除算するとtの個数
tの後に個数と半角空白を付加して、結果文字列(moji)に追加

これをDo Loopステートメントで与えられた文字列aが""になるまで繰り返し処理

以上

アップロードエラーを避ける為、
とりあえず ただの文章をアップする。

その後、投稿を編集する形でコードをアップしてみる。

<編集でコードをアップしてみた>

駄目ですねー
以下で拒否されます。
　↓
The server refuse to browse the page.
The URL or value may not be correct. Please confirm the value.

一例

Sub test()
    Dim dic As Object, k, i As Long
    Dim ss As String, s As String
    Dim moji As String
    
    ss = "123456123789"
    
    Set dic = CreateObject("scripting.dictionary") 

    For i = 1 To Len(ss) Step 3
        s = Mid(ss, i, 3)
        dic(s) = dic(s) + 1
    Next
    For Each k In dic
        moji = moji & " " & k & dic(k)
    Next
    
    MsgBox Mid(moji, 2)
    
End Sub